Primer Premier是设计和分析PCR引物的最全面的软件。Primer Premier通过利用最接近的热力学算法和最精确的熔化温度，找到最优的PCR、多重和SNP基因分型引物。引物被筛选的二级结构、二聚体、发夹、同源性和物理性质，然后报告最佳的序列，按顺序排列。
标准PCR分析的引物设计
Primer Premier是设计和分析PCR引物的最全面的软件。Primer Premier通过利用最接近的热力学算法和最精确的熔化温度，找到最优的PCR、多重和SNP基因分型引物。引物被筛选的二级结构、二聚体、发夹、同源性和物理性质，然后报告最佳的序列，按顺序排列。配备了一个方便的计算器，您可以很容易地操作序列并分析您的引物设计的结果。从NCBI加载感兴趣的基因，选择一个搜索范围，让Primer Premier为您挑选最好的引物。
Primer Premier自动解释BLAST搜索结果，并避免那些区域设计与数据库具有显著交叉同源性的引物。这些同源区域在序列视图中被突出显示，并且在引物搜索期间被避免了。由于在扩展温度下存在模板结构，可能会阻碍引物的扩展。为了避免所有这些区域的模板自动折叠，在您指定的折叠温度下，程序使用专有算法来检查模板内可能的二级结构。在序列视图中，二级结构形成的区域下面用横线强调，并在设计引物时被避免。避免同源区域使得寡聚物高度特异性，避免模板结构提高设计引物的效率。
手动引物搜索
Primer Premier为用户提供对引物设计的完全控制。使用手动搜索选项，用户可以选择模板序列上的任何位置来设计感测或反义引物。Primer Premier会立即计算并显示新引物的性能。然后在主窗口的序列视图中显示由用户最终选择的引物。
